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很多龟友都认为养水龟的水应该是越干净越好。其实不是那样。自然界的水中有些细菌是正常的。其中有些细菌是对草龟有益的。自然界的龟，因为其体内的细菌保持平衡而得以维持健康状态。如果人工饲养情况下，龟体内没有了有益菌或平衡被打破，则会导致龟生病或营养不良。
换水分部分换水和全部换水。
部分换水又叫“兑水”，就是用虹吸管将鱼缸底的龟粪便、残饵料及其它污物吸出。吸水量以缸内水量的四分之一左右为宜，大鱼缸则可少吸一定的比例，总之要视具体情况而定。脏水吸出后，要加入同量、同温的经过晾晒或化学除氯的新水，若水温低，可加开水或用加热器将水加热至缸里水温为止，再将新水兑入缸内。兑水的次数以秋冬季每周二次为宜；春夏季每周三次为宜。
全部换水是缸里污物较多，水草和底沙需要重新清洗时所应进行的，全部换水应将鱼缸里所有设备全部取出，将水草拿出，将龟龟全部捞出，暂时放在与原水同温的其它容器里，用海绵或沙布将缸壁及缸底擦洗干净，然后将水全部吸出。必要时再用少量浓盐水清洗一遍、再用清水冲洗一遍。底沙及水草都应清洗一遍，底沙最好用浓盐水洗一遍，然后冲净，再重新装缸。全部换水的次数以两周至一个月一次为宜，但若水质发生变化则应随时换水。
因此，在饲养过程中，如果容器中有过滤器则不必每天换水，通常每半月更换1/2或1/3的水，再增加新鲜水即可。但如果龟在缸中饲养同时在同一个缸中吃食，吃剩的食物很难清理干净或者会污染水质的话则应酌情增加换水次数。也可以每天换1/3的水。如果没有过滤器，则应视水的干净程度而定。
如果要全部更换水，则最好将自来水晒两天以达到除氯的效果。彻底换水一般在夏季每10～15天换水1次。若水色为褐绿色或蓝绿色，表明水质过“肥”，应及时全部换水。6～9月，因温度较高，换水宜在喂食后3～4小时进行。冬季，龟冬眠期可少换水或不换水。
草龟生活的水体要清新，水的透明度要在30厘米左右。龟是变温动物，水温变化对龟体温度的变化有直接影响，因此，水深要随季节而增减。春季温度较低，水要浅，一般0.5米左右；夏季温度高，水要深，秋季水温逐渐下降，水又要浅；冬季水位要稳定，因为龟的体温随气温、水温的升降而变化，如果气温剧烈下降，水位时高时低，龟只能用自身积累的营养物质来调节体温，当体内营养物质消耗尽时，就会死亡。
一般饲养水龟多用自来水，基本上属于中性水，其硬度、酸碱度都符合饲养水龟的要求，所以在这方面不必过多担心（除一些例外品种，如钻文，玛塔，日本石龟，钉颈等），但是，自来水用来饲养水龟时，必须除掉其中的氯气。主要方法是晾晒法、化学法。
晾硒法即在烈日下晒二天，或者在缺光处晾4一6天才可使用。
化学法即用硫代硫酸钠除氯，其比例为每10公斤水加1克硫代硫酸钠，搅拌溶解后，即可使用。